Zawartość

• Przegląd oprogramowania
• Obsługiwane typy plików
• Podstawowe rozszerzenie pliku
• Inne rozszerzenia plików używane przez Integrated Genome Browser 9

Wersja (od 29.06.2016)	9
Platformy
Licencja	Otwarte źródło
Kategoria	Naukowy

Więcej informacji (odwiedź stronę wydawcy)

Ocena: 2.8 / 5 (6 głosów)

Przegląd oprogramowania

Główne cechy

• Obsługuje różne formaty genomu, takie jak GenBank i FASTA
• Interakcja z danymi za pomocą animacji powiększania i przesuwania
• Uzyskaj dostęp i ładuj genomy z witryn QuickLoad
• Przekształć dane w różne formy wykresów
• Udostępniaj dane współpracownikom za pośrednictwem Dropbox
• Zainstaluj wtyczki dla dodatkowej funkcjonalności

Integrated Genome Browser (IGB) to program o otwartym kodzie źródłowym używany do przeglądania i eksploracji dużych zestawów danych genomowych. Możesz przeglądać różne formaty danych, wchodzić w interakcje z danymi, tworzyć wykresy, zapisywać informacje jako obrazy i udostępniać dane współpracownikom.

IGB umożliwia przeglądanie danych z adnotacji i wyrównanych sekwencji. Program obsługuje różne formaty, takie jak FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband i GenBank. Możesz pobierać dane i przekształcać je w różne formularze graficzne, w tym wykresy niedopasowania w celu wyróżnienia różnic danych i wykresów głębokości w celu pokazania pokrycia. Możesz także wchodzić w interakcje z danymi za pomocą animacji powiększania i przesuwania IGB.

IGB umożliwia dostęp i ładowanie genomów z witryn QuickLoad, które są prostymi systemami katalogów, sekwencji i innych plików danych do celów wizualizacji. IGB zapewnia zaawansowaną funkcjonalność z obsługą wtyczek, aby dodać funkcjonalność i automatyzację przepływu pracy dzięki wykorzystaniu skryptów. IGB zapewnia również zaawansowane funkcje udostępniania danych, niezależnie od tego, czy są to publikacje w wysokiej jakości obrazach JPEG, PNG lub SVG, czy też przechowywanie danych w Dropbox, aby dać współpracownikom dostęp do projektu.

IGB jest używany głównie przez badaczy uniwersyteckich, biologów i bioinformatyków. Udostępnia zaawansowane narzędzia do otwierania różnych formatów danych genomu, wizualizacji danych w postaci różnych wykresów i udostępniania danych współpracownikom. Niestety, program opiera się na dotacjach na dalszy rozwój, co oznacza, że ​​wsparcie dla aplikacji może zostać przerwane w dowolnym momencie. Jednak zintegrowana przeglądarka genomowa jest nadal zdolnym, dostosowywanym programem dla użytkowników, którzy chcą badać i analizować swoje dane genomowe.

Obsługiwane typy plików

Podstawowe rozszerzenie pliku

.XML - Plik XML

Inne rozszerzenia plików używane przez Integrated Genome Browser 9

Obsługiwane typy plików
.ŁÓŻKO	UCSC BED Annotation Track File
.DAS	DeltaMaster Analysis Session
.FA	FASTA Formatowany plik sekwencji
.FAS	Plik sekwencji FASTA
.FASTA	Plik sekwencji FASTA
.GB	Plik danych GenBank
.SGR	Plik danych genomu SGR
.USEQ	USeq Genome Data File